Le CIFDHA est fortement impliqué dans les mécanismes internationaux. Il a élaboré et soumis aux instances pertinentes des rapports alternatifs devant les organes des traités.

En 2013, le CIFDHA a élaboré en partenariat avec d'autres un rapport alternatif et pris part au 2ème cycle de l'EPU. En 2015-2016, le CIFDHA a pris part au processus de revue du rapport initial du Burkina Faso devant le Comité des droits de l'homme de l'ONU. Il a également soumis un pré-rapport alternatif au Comité CEDEF dans le cadre de l'examen du 7ème rapport du pays. Au cours de 2017, le CIFDHA prépare deux rapports alternatifs au Comité contre la torture d'une part et d'autre part au Conseil des droits de l'homme dans le cadre du 3ème cycle de l'Examen périodique universel (EPU). Par ailleurs des activités de suivi ont été engagées pour contribuer à la mise en œuvre des recommandations des organes de traités. Un plan d'actions de mise en œuvre des recommandations prioritaires du Comité des droits de l'homme a été adopté e mars 2017 avec le soutien de CCPR Centre et le Royaume de Belgique.